Sejak disahkannya Peraturan Daerah Kota Bontang No. 17/2002 tentang Pembentukan Organisasi Kecamatan Bontang Barat pada 16 Agustus 2002, Kota Bontang terbagi menjadi 3 (tiga) kecamatan, yaitu Kecamatan Bontang Selatan, Kecamatan Bontang Utara, dan Kecamatan Bontang Barat.
Kota Bontang merupakan daerah otonomi dengan luas wilayah terkecil di Kalimantan Timur. Secara astronomi terletak di antara 117023’ – 117038’ Bujur Timur dan antara 0001’ – 0012’ Lintang Utara. Dilihat dari posisi geostrategisnya Kota Bontang terletak di pesisir tengah Kalimantan Timur menghadap langsung ke Selat Makasar yang merupakan ALKI II, iklim Kota Bontang yang terletak di daerah khatulistiwa dipengaruhi oleh angin Muson Barat (November – April) dan angin Muson Timur (Mei – Oktober).
Kota Bontang semula merupakan bagian dari Kabupaten Kutai dan menjadi daerah otonom berdasarkan Undang – Undang No. 47/1999 tentang Pemekaran Provinsi dan Kabupaten, bersama – sama dengan Kabupaten Kutai Timur dan Kabupaten Kutai Kertanegara. Luas wilayahnya 495,57 km2 atau hanya 0,0038 dari luas wilayah Provinsi Kaltim. Oleh karenanya Kota Bontang merupakan daerah otonomi dengan luas wilayah terkecil di Kalimantan Timur. Secara astronomi terletak di antara 117023’ – 117038’ Bujur Timur dan antara 0001’ – 0012’ Lintang Utara. Dilihat dari posisi geostrategisnya Kota Bontang terletak di pesisir tengah Kalimantan Timur menghadap langsung ke Selat Makasar yang merupakan ALKI II, berbatasan dengan dengan Kabupaten Kutai Timur di sebelah utara dan barat, dan Kabupaten Kutai Kartanegara di sebelah selatan.