Pembangunan tidak akan berjalan dengan baik jika sumberdaya manusianya tidak berkualitas. Karena itulah, permasalahan sumberdaya manusia menjadi salah satu prioritas yang harus dibenahi dan selalu ditingkatkan kualitasnya. Tata kelola kependudukan menjadi penting bagi Kota Bontang sebagai kota industri karena menarik banyak migran masuk. Tidak hanya pemenuhan kebutuhan pemukiman, tetapi kontrol dan pengendalian migran masuk harus dilakukan sejak awal untuk menghindari permsalahan sosial yang sering timbul akibat persaingan antara penduduk asli dan pendatang. Terlebih lagi migran masuk sebagai tenaga kerja pada umumnya memiliki kualitas SDM yang lebih baik dibandingkan penduduk asli. Pada Tabel 4.3 berbagai aspek SDM dan sosial kelembagaan yang masih menjadi isu permasalahan bagi Kota Bontang coba diidentifikasi sebagai kelemahan yang harus segera diatasi.
Isu permasalahan pembangunan yang menjadi kelemahan dalam upaya meningkatkan kesejahteraan masyarakat bersifat dinamis. Permasalahan pembangunan jika tidak iantisipasi dan diatasi semenjak dini dapat menimbulkan masalah yang lebih kompleks ke depan, terutama menghadapi proses transsisi Kota Bontang sebagai Kota Industri. Demikian juga halnya dengan antisipasi dengan permasalahan penurunan produksi migas sebagai penggerak ekonomi daerah. Potensi maritim (perikanan laut dan pesisir) harus benar-benar mendapatkan perhatian untuk menggantikan posisi migas pada masa mendatang.